“永昌汉回互斗案”血光冲天，震惊朝野。案发后，杜文秀、丁灿庭等人的“京控”经都察院等初审立案后，总算成了天子过问的关乎“数万生灵之沉冤”(“圣谕”)的钦案，“交林则徐等审办”。道光二十七年(1847)七月初二，清宣宗爱新觉罗•芠宁再降御旨：“必须彻底根究水落石出”。或许由于天子本人也知道此案一时“难以确究真情”。还极为郑重地在圣旨中谆谆告诫“身为大吏”的林则徐：“凛之慎之”。于是，林则徐(1785—1850年，字少穆，福建闽候人)这位中国近代史上大名鼎鼎的卓越政治家兼民族英雄便在其花甲有二之年被钦点到了云贵总督任上，并跋山涉水，亲临案发地“体察情形”、“备细熟商”(《云贵奏折》)——林公上任伊始，便知这是趟极为繁难的苦差，因而丝毫没能再现九年前于“虎门销烟”之时所展露的那种大刀阔斧、雷厉风行的虎虎威势，一进角色便如履薄冰，采取了一种恒而又慎的态度。

　　林则徐来保山审理此案的消息传开后，回汉两族上层一些心怀鬼胎的人竞相大造舆论，企图蒙蔽视听，干扰办案。相传当时一些明眼人也看出了这案“曲中有直、直中有曲、曲直难辨”的极端复杂性，故有人断言林此来将“春雷不响”，有的则猜“秋霜必严”；不怀好意之徒则出言不逊：“双木不成材，枉自云南来，永昌些子事，看你怎安排?”

　　林则徐奉旨入滇到任之时(1847年6月)，距案发时间已有一年零九个月。他深知，就“京控”一事而言，“则原告无非理直，被告无非理屈，剖之似极不难耳”，但就全案——“节次构衅’’的发生、发展及演化、升级的全过程而言，却又“纠缠实为不了”(《云贵奏折》)，因为汉回之间冤冤相报多起仓促之间，而所报又偏非所仇，受害者往往是无辜的。加之发案时俱人多势乱，被杀被烧的祸从天降早已魂飞魄散，“即起死者而问其孰杀，亦复不能明指。然欲讯其所杀何人，彼亦诿诸不识姓名而不能指实”(同上)……案情之错综复杂，着实令林总督头皮发麻，甚至一度处于进退惟谷的窘境：惩汉则汉以为偏回；惩回则回以为袒汉、稍有不慎便将导致局面的“不可收拾”(同上)……如此种种，使得足智多谋的林则徐也情不自禁地黯然慨叹：法，也有不够用的时候啊(“法又有时而穷”，同上)!……

　　所幸，林则徐毕竟是林则徐。经过一段时间的“明查暗访”和深思熟虑，他终于拨云见日，做出了一个充满智慧、令人叫绝的“安排”——先除去那些仍在四处逞凶的“自称为回而未必真回，自称为汉而未必真汉”的“外匪”而后清查藏身隐迹的“内匪”，指导思想是：“但问良莠，不问回汉”，是匪即拿，拿而必办!——当然，话是这么一句，具体操作起来却并不轻松。由于当时血案未了，械斗犹续，并发生了多起官民两方的对抗性事件，故林则徐既知不用兵不足以息事，又思血光未隐，“此时断不可再行用兵”。不过林总督自有高招——一面调集兵马，命腾龙一线官军东下，他则统大军西进，从而造成了前后夹击之“进剿”态势；一面则四处张榜警诫滋事之众：  “若仍冥顽不灵，罔知利害，则大兵一临，惟有痛加剿洗”。这一举措，果见奇效；那些成团抱伙者见林总督兵威如此，斗志顿消，就连“昔日胁从附和之徒”，也“皆遵官而恐后，父献其子，兄拿其弟，初藉渠魁以剪冀羽。继以羽翼尽而及渠魁”，凶徒匪首遂悉数落网。

　　会审结果，共惩处百恶者430名，其中处死145名，杖责后流放188名。至此，“举数年之重冤积弊一具澄清”；而林本人也因此受朝廷嘉奖：加太子少保衔。

　　如果说，林则徐在湖广总督任上做的最重要也最响亮的一件事是惊天动地的“虎门销烟”的话，那么他在为期两年的云贵总督任上做的最突出也最繁难的一件事便是查办“永昌汉回互斗案”了——尽管二者其实远不能相提并论。

九隆山翠锁重重，蛮俗难驯旧段蒙。
愧令龙韫掳胜策，翻叩凤奖边功。
频年芽蘖期除劳，半载驰驱笑转篷。
臣力就衰天宠渥，感恩长此惕微躬。

　　这是林则徐写于保山的一首感怀诗。从诗的情调上看，他奉旨所办的案子是“结”了，但心情却并不太好——尽管此后曾有人感其威德于城内菊花街建起了“林公祠”。